Debes revisar si la nueva carpeta del tema cuenta con los permisos necesarios en el servidor para ser leida. Recuerda además vaciar la caché de tu navegador. 

Huelga decir que si la carga se hace directamente mediante FTP, no se debe mantener el archivo ZIP. 

Comrpueba además la estructura del directorio de temas. Tiene que quedar así:

themes/mi-tema/ { Archivos TPL comunes, como product.tpl, product-list.tpl...} 

Y dentro de /mi-tema/ hay carpetas CSS, JS